1948年10月，风雨如晦，南京政府已面临崩溃的境地，已经出任资源委员会委员长的孙越崎决定率资委会起义，向所属厂矿发出“坚守岗位，护厂护矿，准备移交”的号召。在这关乎国家前途命运的时刻，翁心源做出了响应号召，护厂护矿的决定。这是他坚守自己实业救国理想的唯一抉择，铁路的梦想已经因抗日战争破灭一次，人生不能允许他再失去石油的梦想。他多年筹谋修筑中国的石油长输管道，只有坚实地站在中国的大地上才有实现的前景。
护厂迎接解放
1949年4月23日，为和谈奔走失败的翁文灏在南京解放的前一天飞抵上海，第二天，在翁心源的陪伴下到高桥东厂、西厂两座储油所看望职工。他对翁心源护矿迎接解放的抉择给予了支持，看望高桥石油职工，也是表达了对护厂的支持态度。人生的特殊经历使他只能选择暂时的去国别乡，唯一不舍的就是二十年来呕心沥血建立起来的石油工业。他在向石油告别，在向未竟的理想告别。
解放军发动上海战役后，高桥成为国民党守军的军事重地，经东厂、西厂两座储油所码头开来的军队不断向厂里征用物资，要求进驻和存放军需物品。此时，东厂储油所存放5万余桶原油的油库距黄浦江不足百米，若遭战火或败军破坏，引起大火不仅储油所毁灭殆尽，燃烧的原油流入黄浦江，对市区的危害更不堪设想。在这种情况下，翁心源做了三件关乎储油所与石油职工安危的大事：借国民党淞沪警备司令部之力保护油库，组织职工护厂，将家属撤离高桥。
研究史料，为防止国民党败军破坏高桥储油所，翁心源应该是在5月21日至25日之间，用中国石油公司的名义，以防止军队危及油库的安全为由，利用父亲上层关系从淞沪警备司令部要出“油库重地，禁止驻军”布告的。这张布告张贴在储油所门前是如此的及时，因为5月25日高桥就成为激烈的战场。27日，高桥被解放军攻克，储油所安然无恙。
在高桥成为战场前翁心源到高桥储油所，一方面组织职工护厂，一方面将职工家属疏散到市区安全的地方，并将到市区无处安身的职工家属安置在自己的家中，等待上海的解放。
1949年5月27日，国民党守军放下武器，高桥储油所及所有设施器材完整地交给了新生的上海。
 
建设新中国石油事业
翁心源热情地拥抱新生的共和国，愈加努力地追逐他的石油梦想。
1949年初，翁心源应召进京参加筹备燃料工业部第一次全国石油工作会议。四月，在全国石油工作会议上决定成立石油管理总局，翁心源被任命为总局计划处处长，以他渊博的知识组织制订了石油工业三年国民经济恢复时期的计划和第一个五年计划的发展规划。1955年，石油工业部成立，翁心源担任基建司总工程师。随着我国石油工业迈入快速发展时期，他作为石油基建工程的最高技术负责人和储运工程领域的带头人，组织了建国初期油气长输管道、储运工程和新建、扩建炼油厂等国家重点工程的设计审查、施工质量监督和验收工作。
1952年,清华大学院校调整后设立石油储运专业，翁心源作为油气储运工程的开创者，被聘为兼任教授。
1957年，新中国开发的第一个整装油田克拉玛依油田试生产，急需铺设一条通往独山子炼油厂的输油管道解决运输的难题。这将是我国第一条长距离输油管道，不仅是中国石油工业里程碑式的工程，亦是翁心源石油梦想中辉煌的目标。他接受了设计任务，并在1958年到新疆主持了管道的建设。这毕竟是开国之初修筑的第一条长输管道，困难之大难以想象，缺少建设管道的设备材料，缺乏管道技术专业人才，一切都需要翁心源用他丰富的学识、深厚的经验和以实际化困境的智慧来解决。他提出用井间接力输送的工艺，充分利用地层压力输送原油的办法降低能耗；缺少材料，他将就地取材作为工程从简节约的原则，要求施工技术人员和工人只能到油田的废料堆中寻找替代品。在铺筑油管工地常常可以看到管材用的是钻井用的套管，输送动力用的是钻井用的柴油机和泥浆泵，用钻井成套的动力设备建设起管道泵站。期间，他还推荐石油学院教授、由航空专业转行石油储运的张英教授参与主持克拉玛依管道的铺设。1959年1月10日，中国第一条147公里长距离输油管道仅用九个月建成投产，翁心源建设长输管道的理想首战告捷。
1960年3月，大庆石油会战拉开序幕。翁心源为会战献策，建议集中石油部所属单位技术骨干参加会战，压重担，负重责。而恰在这时视石油为毕生己任的翁心源肝炎复发，但他无暇顾及个人的健康奔赴会战前线，亲自组织实施了萨尔图、喇嘛庙油田地面建设的规划和建设。萨尔图油田是大庆会战建成的第一个油田，翁心源发扬大庆精神精心设计精心施工，高质量地完成了在职期间所有的工程建设任务。1962年，会战指挥部验收地面建设各种工程项目487项，质量优良率达90﹪。铺设各类管线600公里，共有13万道焊口，一次试压合格率1961年达到99﹪，1962年更高达99.94﹪。
1961年，四川开工建设巴县石油沟气田至重庆供气工程的巴渝输气管道，全长54公里，这不仅是我国第一条输气管道，其穿越长江更是我国开创性的工程。第一次穿越长江工程因管道断裂失败。1962年，为攻克穿越长江的科学难关，翁心源受命到四川组织技术力量攻关。他带领技术人员深入实地考察，精心选择输气管道过江路线，运用深厚的学识和极大的智慧研究设计出过江的工程实施办法。他分析管道过江断裂的原因是江底不平，有悬空段。当年国家没有大型水上铺设管道的设备，一切都要从实际出发解决工艺技术难关。翁心源借用四川兴建水利传统的石笼工艺，创造性地提出石笼稳管法，即先将管道铺过江，然后将卵石装入铅丝笼子做成的石笼投放到水下管道的两侧，形成一条人工管沟来稳定管道。
翁心源在过江管线工地日夜操劳，事无巨细，令所有人钦佩慨叹。他有每天记工作日志的习惯，每部日志都是一个工程从设计、规划、施工工艺到每天工作状况的完整记录。庆幸的是，他的女儿们至今还保存着他极具史料价值的日志。选摘几则穿越长江工程的日志，以识这个宗师级工程师的工作作风：“3月19日，过江管线预算（略）；3月21日，整天在南岸工地，挖了一天效果不大。工作到日落晚七点左右。开夜工……到清晨2点；3月22日，上午继续在南岸高坡，先用人将卵石打松，改拉铲齿。下午拉铲，将岸边一段加深……。”
翁心源创造性的过江管道工艺技术在他的指挥下输气管道一次性成功穿越长江天堑。我国第一条输气管道随之建成，翁心源的石油管道梦想再次成真。
在奔赴大江南北石油工程建设工地的同时，翁心源对管道防腐还进行了长期的研究，所获得的成果对输油工程技术作出了重大贡献。因为他的科学成就，被国家科委聘为石油地质组储运分组成员和腐蚀组土壤腐蚀分组副组长，并担任中国腐蚀学会理事会秘书长。他还将结构力学的理论引入石油储运工程中，奠基和发展了我国石油储运工程理论。众多的研究成果对我国石油储运事业产生了深远的影响。
1964年，石油部成立石油情报所，翁心源调任该所副所长兼总工程师，为建立中国石油工业的科技情报网络做出了重大贡献。但笔者并不为此击掌表颂，他是中国学习和掌握石油储运工程的第一人，是站立潮头引领我国石油储运技术的一代宗师，情报所副所长人选可以摩肩，而翁心源却是那个时代无可替代的人物，需知他才52岁，正是一个科学家最好的年华。这项任命中断了他的石油储运事业，对我国石油工业是个重大损失。
无论翁心源去向何方，他永远是新中国油气储运事业的一座丰碑。
 
魂归潜江
翁心源像一切富有社会理想、肩负社会道义的中华民族历代优秀知识分子一样，伏清白以死直，具有爱国、守节、清贫、修身的传统美德。他向往新中国，解放前夕谢绝美国亚细亚石油公司的高薪聘请，拒绝去台湾工作，决心留在大陆迎接解放。他的妻子和女儿连同祖父、母亲曾被父亲安置在台湾，他决意追随共产党后，便又在父亲的帮助下将他们接回上海，共同迎接新中国的诞生。全国解放后，他在周恩来总理的授意下与流亡国外的父亲联系，动员他早日回归祖国。当中共中央同意翁文灏回国后，他又接受任务到香港面见父亲，向他转达党中央的决定。父亲回国后一度没有工作，他陪伴宽慰父亲直至问题的解决。文化大革命初期父亲受到冲击，被批斗抄家，他还劝慰父亲向前看，可此时他也深陷困境。
1949年2月，翁文灏为了促进南京政府与中共和谈，受李宗仁之托到溪口面见蒋介石，试图劝说他同意和谈，因为年高体弱带了翁心源同往。这件事被单位造反派揭发，翁心源有口难辨。更荒唐的是，解放前夕为护厂利用翁文灏的关系弄来国民党上海淞沪警备司令部的布告，竟被说成“勾结伪国防部二厅”，遂被打成“潜伏特务”，成为荒谬的“资源委员会潜伏特务案”的主角，受到无休止的审查批斗。
他是个品质高洁的人，在巨大的压力下始终坚持实事求是，按照真实情况回答造反派和专案组企图“深挖同党”的提问，没有牵连任何人。这令急于立功的造反派失望以极，对他的摧残更加严酷。1970年4月9日，翁心源在湖北潜江“五七干校”被造反派连续批斗了三天，心力憔悴到极点。他意识到造反派的矛头所指是父亲，是追随孙越崎伯伯起义的整个资源委员会人员，只要他活着，造反派就不会停止对他的折磨。他想到以死来结束这场悲剧。笔者读过翁心源的遗书，让我泪流不止的是，在生命最后的时刻，他想到的是年迈的父亲、辛劳的妻子和向往美好明天的女儿们，他请求组织将他的死说成是失足落水而亡，以减轻亲人的悲伤和政治压力。
深夜，他投入干校农场的水渠结束了生命，年仅58岁。
翁文灏回国后，因为历史的原因被剥夺了从事科学研究的权利，对这位享誉世界的大科学家的打击是巨大的，于是他将对科学与实业兴国的梦想都寄托在长子翁心源的身上，当他得知翁心源的死讯后，悲痛欲绝，连作三首诗以寄哀思：
    初学工程修铁路，衡阳轨辙达南方。
    石油继产抗倭寇，草创玉门艰苦尝。
 
    新时开发石油谋，努力推勘大九州。
    大庆宏规初建设，曾参计划启勋猷。
 
    全心服务矢终身，俭朴生涯奋勉真。
    志气犹存油管接，中途逝去太伤神。
虽然儿媳李素英对翁文灏说心源是突发心脏病离世，但久经政治风雨的翁文灏还是隐约察觉到背后的真像，82岁老人的身心再也无法承受这样的打击，不久便魂追爱子而去。
翁心源与他的父亲翁文灏一样是一介书生，在科学的海洋可以自由地遨游，却被政治大潮所吞没。可慰的是他们父子的悲剧与他们的科学贡献一样成为社会的财富，让人们从中更加认识到科学与民主是与复兴中华民族的伟业唇齿相依的。今日的改革之路正是全民族对此共识的结果。中国的石油人要永远铭记住这个名字——翁心源。