1948年10月，已就任资源委员会委员长的孙越崎利用国民党社会部在南京召开全国总会成立大会之机，召集到会的各工矿代表到资委会本部开会，决定起义，号召大家“坚守岗位，保护财产，迎接解放，办理移交”。会后，资委会所属的上千个厂矿生产单位开始了惊心动魄的护厂护矿斗争。
        
        参加护矿斗争
        玉门油矿没有人参加会议，但孙越崎秘密号召起义的讲话不久便传到玉门油矿经理邹明耳中，邹明决定追随老长官孙越崎起义。因为邹明与熊尚元同在动力油料厂公事，感情甚笃，便不漏声色地将消息首先告诉了熊尚元。熊尚元决定跟随邹明护矿起义。

        1949年7月初，国民党军队在人民解放军的凌厉攻势面前，只剩下西北、西南和东南几省的地盘，最后的灭亡已指日可待。而此时盘踞在河西走廊的国民党军残部也加紧策划了破坏玉门油矿的计划。在此形势下，玉门油矿在经理邹明的领导下开始了护矿工作。熊尚元站在护矿第一线全力支持邹明。

        7月份，油矿以维护矿区秩序为名成立护矿队，对外称“纠察组”，熊尚元推荐炼厂工程师金克斌担任副大队长，大队长为矿场工程师杨敏。随即油矿全体员工展开了轰轰烈烈的护矿斗争。

        炼厂在熊尚元的领导下，技术人员与工人一起，将蒸馏裂化装置的精密仪表、热机泵等重要设备拆下装箱，掩藏起来，所拆设备用其他相应设备顶替，维持生产。为保护工厂不被破坏，又组织员工将美制53加仑空油桶装上沙子、石头，三个铁桶叠在一起成一组，一组一组紧紧连在一起排成墙，然后用铁条连接焊死，把炼厂严严实实地围起来。

        8月中旬，邹明借故到广州向迁穗的中油公司汇报，潜入香港会见了起义的老长官孙越崎，孙越崎向他正式传达了资源委员会南京秘密会议作出的起义决定，并告知他已与中共取得联系。邹明回矿后将会见情况告诉熊尚元。熊尚元极为兴奋，感到护矿有了方向，心里踏实了，护矿决心也更坚定了。

        8月26日，兰州解放，国民党败兵延河西走廊向新疆败退，玉门油矿顿时处在极度危险之中。邹明一方面争取酒泉国民党驻军的支持，一方面将油矿保存的枪支全部发给护矿大队，进行武装护矿。

        解放军根据孙越崎在香港的请求，解放兰州后便向河西走廊推进。攻占张掖后，第一野战军装甲部队在三军军长黄新廷的率领下，披星戴月直插玉门。
9月24日夜是油矿最紧张的时刻，熊尚元开着吉普车与邹明一起巡视矿区，检查武装护矿的情况。炼厂是敌人预谋破坏的重点，在四台炼厂周围到处都是武装员工站岗警戒，而此时炼厂仍在坚持生产，这令熊尚元非常欣慰。午夜后，他们还不放心，熊尚元便将车开到邹明家，与邹明和衣相坐直到天明。
1949年9月25日，解放军装甲战车开进矿区，玉门油矿完整地回到人民的怀抱。
 
        首任北京石油设计院院长
        熊尚元以满腔的热忱投入新中国的建设，领导炼油厂员工完成了达布斯裂炼装置的后续配套改造工程，使成品油的产量成倍增长，有力地支援了新中国经济恢复期的建设，被        提拔任命为玉门油矿局副局长。由于他的贡献和学术水平，1954年9月当选为我国第一届全国人民代表大会代表，并在二、三届连续当选。

        1953年3月，燃料部石油管理总局成立专事炼油设计的石油设计局，熊尚元被任命为副局长兼总工程师。设计局的成立标志着我国炼油现代化又迈上了新的台阶。熊尚元领导设计局最出色的工作是为石油六厂设计建设合成甲苯车间和中压合成油试验车间。此设计虽已有实验室成果，但如何放大进行工业化生产，没有任何借鉴的经验。熊尚元带领设计人员到大连参加中型试验，熟悉相应的工艺过程，依靠自己的力量独立自主地完成了设计任务

        1956年，石油部成立后设立设计管理局，下属四个设计院，熊尚元被任命为技术力量最为雄厚的北京设计院院长。上世纪五六十年代以大庆油田发现为标志，成为我国石油工业高速发展的第一个黄金时期，大型炼油厂雨后春笋般在祖国大地拔地而起，因此大江南北都留下了熊尚元和北京设计院技术人员的身影。

        熊尚元开拓性的贡献是主导了我国炼油设计标准的制定。我国炼油工业现代化是从新中国成立后开始实施的，炼油设计则是参考前苏联的标准。熊尚元担任北京设计院院长后，便思考编制我们自己的设计标准。熊尚元留学美国，深谙世界最先进石油大国的标准，同时又因多年参照执行石油大国前苏联的标准，使他对苏美的标准都熟悉，因而他的知识深度和广度在当时的国内技术人员中是少有人能超越他的。经过大庆会战及多座炼油厂的建造和炼油新技术的突破，他开始带领设计院的同行，借鉴前苏联和参考外国石油公司标准，以适合中国炼油工业为准则编制部颁标准。炼油标准的制定是随着炼油工业的发展不断修改丰富的，但我国这项工作的开启者是熊尚元。

        熊尚元带领北京设计院参加了我国第一个石油大发展时期每一座大型炼油厂的建设设计，但最令人难忘的是参加大庆会战的经历。

        1960年，大庆会战的油井开始采油，因为国家迫切需要油品，在对大庆原油还没有全面掌握的情况下，便在大连石油七厂进行试炼，炼制过程中由于原油含蜡量高，几乎在所有工艺流程中都出现问题，事故频繁。石油部组织会战攻关小组，熊尚元带领北京设计院技术人员参加会战，经过50天的攻关完美解决了大庆原油炼制问题，也为大庆炼厂的建设提供了实践的经验。

        大庆会战仅两年，原油产量已达270余万吨，石油部决定在大庆建设大型炼油厂，一期工程100万吨原油加工能力，设计任务交给北京设计院。当时的困难是，前苏联专家全部撤出，我们设计大型炼油厂全无经验，而且由于时间紧，对大庆原油的评价工作还没有完成，需要设计人员自己动手调查研究。独立自主建设中国人自己的大型炼厂是熊尚元和所有技术人员的理想，困难虽然难以想象，但熊尚元和设计院的科技人员怀着强烈的爱国主义精神，义不容辞地接受了设计任务。设计组开到现场连续苦战四个月拿出初步设计方案，1961年上半年完成一期工程设计。到1962年初，完成了大部施工图。1962年4月，设计院大批设计人员抵达现场，一边完成施工图设计，一边配合施工，边设计边施工，极大地加速了炼厂的建设。

        1963年底，一期工程设计刚刚结束，北京设计院又提出接受二期工程150万吨原油加工能力的设计任务。在熊尚元的领导下，二期工程设计打破前苏联的设计程式，根据实际创新我们自己的设计格局，提前完成了设计任务。1964年冬，一期工程建成投产；1965年，二期工程全面建成投产。

        大庆炼油厂是完全依靠我国自己的技术力量设计、建设的第一座大型炼油厂，具有开创性的意义，从此，中国人建设炼油厂走上了坦途。熊尚元的名字和这个杰出的工程连在一起。

        1965年9月，熊尚元调到大连石油七厂，先后担任副厂长、副总工程师。不久，文化大革命爆发，熊尚元深陷江青诬陷的“资源委员会潜伏特务案”中，失去了自由。文革结束后平反，他已垂垂老矣。他逝世后，中国石油报发讣告，对他在石油七厂的工作只写道：“在大连石油七参加了辽阳化纤厂设计资料的翻译和《英汉石油大辞典》炼制部分的编写工作。”在他93岁时，笔者到他大连窄仄的家中拜访，他依然乐观。

        2007年12月12日14时，熊尚元在大连逝世，享年96岁。